Kościół Zielonoświątkowy datuje ponowny samodielny swój byt wyznaniowy od 01.02.1988 roku. Jest wspólnotą autonomicznych Zborów składających się z wiernych. Po ponownym uzyskaniu samodzielności Kościół doznał intensywnego rozwoju: w 1988 roku liczył 82 Zbory, obecnie zaś 174 Zborów, 60 punktów misyjnych i 19 100 wiernych. Jest drugim co do wielkości kościołem protestanckim w Polsce. Nie udało się na razie skupić wszystkich zielonoświątkowców w jednej wspólnocie kościelnej, obok bowiem Kościoła Zielonoświątkowego istnieje kilka mniejszych wspólnot o charakterze zielonoświątkowym. Podstawową jednostką organizacyjną w Kościele Zielonoświątkowym jest Zbór, będący lokalną wspólnotą wiernych. Na czele Zboru stoi pastor i rada starszych. Najwyższą władzą Kościoła jest Synod, który zbiera się co cztery lata, a w okresie międzysynodalnym - Naczelna Rada Kościoła, której z urzędu przewodniczy wybrany przez Synod - Prezbiter Naczelny. Obecnie jest nim - Prezbiter Michał Hydzik, jego zastępcami są: Prezbiter Marian Suski - odpowiedzialny za sprawy nauczania i organizacyjne oraz Prezbiter Mieczysław Czajko - odpowiedzialny za sprawy duszpasterstwa. Rzecznikiem Prasowym jest Prezbiter Edward Czajko - odpowiedzialny za współpracę międzykościelną. Kościół Zielonoświątkowy w Polsce jest podzielony na 6 okręgów, którym przewodzą prezbiterzy okręgowi. Kościół utrzymuje stałe kontakty z bratnimi Kościołami Zielonoświątkowymi w Polsce oraz całym ruchem protestanckim zrzeszonym i nie zrzeszonym w Polskiej Radzie Ekumenicznej. Kościół Zielonoświątkowy jest członkiem Polskiego Towarzystwa Biblijnego, oraz współuczestniczy w ekumenicznej komisji tłumaczącej Pismo Święte, w skład której wchodzą także przedstawiciele Kościoła Rzymskokatolickiego.
       Organem prasowym Kościoła jest miesięcznik "Chrześcijanin" ukazujący się od 1929 roku. Instytut Wydawniczy "Agape" zajmuje się wydawaniem literatury chrześcijańskiej. Duchowni zdobywają przygotowanie teologiczne i duszpasterskie w Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej w Warszawie, w Warszawskim Seminarium Teologicznym, bądź Seminarium Teologicznym w Ustroniu.